在编制好遗体接运业务档案之后，要对档案进行科学的保护管理。在业务档案室设立专门的遗体接运业务档案存放区域，并采取适当的技术措施延长档案寿命，便于档案长期保存和利用。
对于本市居民在殡仪馆火化的，主要是将逝者的《居民死亡殡葬证》予以归档整理成册。而省际运输或遗体出境和入境运输，需存档的资料相对较多。
1.省际运输遗体归档资料(1)《居民死亡殡葬证》;
(2)运往地民政部门或殡葬管理部门出具的《遗体接收证明》;(3)《跨省市尸体运输准许证》;(4)《跨省市遗体运输申请、委托书》。

2.国际及境外遗体出境运输存档资料(均为复印件)(1)逝者身份证明，如护照、台胞证、港澳通行证;(2)《外国人死亡证明》或《居民死亡殡葬证》;(3)《医学死亡证明书》;面(4)《公证书》;
(5)领馆开具的遗体出境许可证明等相关文件;
(6)卫生检验检疫部门开具的《中华人民共和国出入境检验检疫尸体/棺柩/骸骨入/出境许可证》;
(7)中国殡葬协会国际运尸网络服务中心出具的国际运尸证明;
(8)中国殡葬协会国际运尸网络服务中心xx市办事处开具的尸体外运许可证明;
(9)丧事承办人的委托书。

3.国际遗体入境运输存档资料(均为复印件)(1)逝者的护照或身份证明;
(2) 当地的死亡证明书。若运回后在本地火化的，还需保存《居民死亡殡葬证》;
(3)领事馆出具的遗体出境证明;(4)《公证书》;(5)当地殡仪馆出具的遗体防腐证明;
(6)卫生检验检疫部门开具的《中华人民共和国出入境检验检疫尸体/棺柩入境许可证》、《尸体移运许可证》和《入境货物通关单》;
(7)丧事承办人的委托书。
遗体接运业务档案在进行遗体接运人员培训时可作为案例使用。但在领出时要注意保护档案，尽量采用复印件。